马祖酒厂实业股份有限公司正式成立於1999年8月8日，董事会置董事九人，推选产生董事事长一人，并置监事三人。董事会下设南竿厂、东引厂及台北营业处，其经营型态以公司体制运作，为连江县所属的公营事业公司，肩负马祖地区主要财源收入之重任。

　马祖酒厂南竿厂前身设址於复兴村的「中兴酒厂」，成立於1956年，循古法酿酒，早年以生产老酒、高粱酒及药酒为主，隶属马祖战地政务委员会。1970年扩建厂房於现址，更名为马祖酒厂，始初具规模，产量逐年递增。南竿厂以生产大曲、高梁、药酒和陈年老酒最受欢迎，如今由世华企业公司代理的「八八坑道」系列高粱酒，更是声名远播。

　南竿厂窖藏於八八坑道中的马祖老酒，由於存放时间超过17年，香醇柔顺，口感特佳，2008年5月20日，被马英九总统指定为总统副总统就职国宴酒，经国内各大媒体大幅报导，马祖陈年老酒顿时声名大噪，销量大增。


　东引酒厂草创於1956年冬，原名「中兴酒厂东引分厂」，1961年东引指挥部接管更名为东引酒厂。1979年谢久任指挥官时，斥资新台币1200万元进行扩厂，至1980年7月竣工，始具备现代化酒厂规模。东引厂以酿制高粱酒为主，包括大曲酒、高粱酒及陈年高粱酒，早年曾经生产风湿酒、黄龙酒、百子千岁酒等各式药酒，近年已停产。

　历数十年来，东引厂在品质、酿造技术和产量方面，均有突破性进步，尤其以东涌陈高，远近驰名，不但在陈水扁担任总统期间被指定为国宴酒，近年来，并已成为马祖地区最畅销的白酒，曾经数度供不应求，造成缺货，由此可见东涌陈高受到欢迎的程度。

　南竿厂与东引厂都设有展示馆，不论团体或个人，都欢迎入内叁观、品酒。